Сайт создан на платформе Nethouse. Хотите такой же?
Владельцу сайта

2D Диаграммы Пкотехнологии




КАК ЧИТАТЬ 2D ДИАГРАММЫ ПИКОТЕХНОЛОГИИ


СОКРАЩЁННАЯ ДИАГРАММА


Красный - альфа-спираль.
Оранжевый - 310-спираль.
Розовый - одиночный код альфа/310 спиралей.
Голубой - пи-спираль.
Зеленый - бета-спираль.
Сиреневый - метиониновая спираль. У неё более крупный шаг "резьбы", чем у обычной альфа-спирали.
Черный в сокращённом представлении и белый в развернутом означают либо неизвестный код, либо конец трансляции.
Циклическое повторение цветов - программная спираль.


http://img-fotki.yandex.ru/get/6210/126580004.53/0_bcc31_366c6e2c_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/6304/126580004.53/0_bcc32_4f52ef7b_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/6302/126580004.52/0_bcc2f_a96d98c5_S.gif http://img-fotki.yandex.ru/get/6307/126580004.52/0_bcc30_b4791ec4_S.gif
Альфа-спираль Бета-спираль Пи-спираль 310-спираль Метиониновая спираль



https://img-fotki.yandex.ru/get/898391/158289418.498/0_1859fc_e2e79c6_orig.png


ПОЛНАЯ ДИАГРАММА


1 - порядковый номер аминокислотного остатка в белковой молекуле
2 - триплетный код
3 - однобуквенный код аминокислотного остатка
4 - трёхбуквенное обозначение аминокислотного остатка
5 - упрощённый композиционный код
6 - графическая интерпретация упрощенного композиционного кода
7 - композиционный код
8 - графическая интерпретация композиционного кода
9 - нота, которая звучит при установке данной аминокислоты в растущую белковую цепь
10 - графическое изображение ноты (или ударного инструмента)

Для новой версии Пикотех 2018 разработан Композиционный код 7var
https://img-fotki.yandex.ru/get/914553/249950893.1/0_16ae92_83cc91e_orig.jpg

Программные спирали - это повторение последовательности композиций. Например, один код альфа-спирали, затем один код пи-спирали. n(35) задаёт программную спираль, а n3 или n5 - простые спирали (пи-спираль и альфа-310-спираль).
1111111111111111111 - прямая альфа-спираль
4444444444444444444 - прямая 310-спираль
3333333333333333333 - прямая пи-спираль
2222222222222222222 - прямая бета-спираль
232323 - программная 23-спираль
141414 - программная 14-спираль


http://nanoworld.org.ru/post/94081/#p94081

https://img-fotki.yandex.ru/get/509063/158289418.498/0_1859fd_27b43600_orig.png



Пи-спирали есть и в официальной науке, а в Пикотехнологии. http://nanoworld.org.ru/post/94083/#p94083 В официальной науке считается, что бета-тяжи плоские, т.е. "спираль с поворотом каждой следующей аминокислоты на 180 градусов. Пикотехнологические модели показывают, что это не тяжи, а именно правые спирали (2.5 остатка на виток). 310-спираль правая. Имеет примерно 3 остатка на виток. Альфа-спираль тоже правая. Имеет ~3.6 остатков на виток. Пи-спираль левая имеет примерно 4.1 остатка на виток: http://info-farm.ru/alphabet_index/p/pi-spiral.html .


Модели всех типов простых спиралей показаны здесь: http://nanoworld88.narod.ru/data/302.htm

Моделирование аминокислотных остатков http://nanoworld88.narod.ru/data/279.htm






ИНФОРМАТИВНОСТЬ ПИКОТЕХНОЛОГИИ



https://img-fotki.yandex.ru/get/893194/158289418.498/0_1859fe_42c2eed0_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/477847/158289418.498/0_1859ff_f066b0ba_orig.png



СУТЬ  МЕТОДА


http://nanoworld88.narod.ru/data/302.htm

Триплеты ДНК кодируют аминокислоты. По таблице обычного генетического кода:


https://img-fotki.yandex.ru/get/509739/158289418.498/0_185a00_494c8c31_orig.jpg


Кушелев: В упрощённом представлении третья (как бы лишняя) буква управляет углом поворота. Это я понял, когда сделал 3D модель аминокислотного остатка. Один аминокислотный остаток можно повернуть относительно другого на углы 0, 120 и 240 градусов. Когда я в этом убедился, построив пластмассовые модели нескольких белковых молекул, начались уточнения. Ведь водородные связи между соседними витками спирали могут слегка менять углы поворота. Анализ белковых структур помог составить таблицу композиционного генетического кода http://nanoworld.org.ru/post/94014/#p94014 .



Кушелев: Официальная наука "знает" альфа-спираль, 310-спираль, пи-спираль и бета-тяж (не знает, что спираль). В устаревшей официальной науке спирали не кодируются. Для того, чтобы узнать их код, нужно открыть композиционный генетический код, что, собственно, я и сделал в 1992-ом году. Я составил её по этим данным: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 920204.htm


В упрощённой модели пикотехнологии учитывается поворот вокруг одной оси на 3 разных угла. Вариант "альфа" в дальнешем расщепляется на "Альфа-спираль", "310-спираль", "одиночный альфа-код". http://nanoworld.org.ru/post/94009/#p94009


https://img-fotki.yandex.ru/get/509063/158289418.498/0_185a01_e2c81f39_orig.png



ПОЧЕМУ ПИКОТЕХНОЛОГИЯ ТОЧНА НА 100%



Специалисты по РСА просто не в курсе, что электрон имеет "скелет" в виде кольца диаметром типа 1.7 ангстрема (для внешних оболочек водорода, углерода, азота, кислорода... Кольцевые "скелеты" электронов формируют кольцегранные электронные оболочки и кольцевые механизмы молекул. Модели этих механизмов показывают, как складываются альфа-спираль, 310-спираль, смешанные альфа-310-спирали, пи-спирали и бета-спирали, которые оказались не по 2 остатка на виток. Кольцегранные модели помогут специалистам по РСА более точно определять структуры белков и не только. Кстати, пикотех не может определить структуры, полученные не по программе рибосомой. Если после сборки белка он обработан ферментами, например, разрезан и переделан, то программа "Пикотех" об этом не знает. Так что полностью пренебрегать РСА не стоит. Но в плане дополнения РСА "весит" в несколько раз меньше, чем "Пикотех". http://nanoworld.org.ru/post/94089/#p94089



В современных базах данных структура белка изображается в виде опознанных участков альфа и 310-спиралей.



https://img-fotki.yandex.ru/get/876984/158289418.498/0_185a02_c1602d27_orig.jpg

https://img-fotki.yandex.ru/get/894110/158289418.498/0_185a03_84676294_orig.jpg



Здесь спиральные участки (альфа- и 310-) показаны красным цветом. Остальное - неопознанная часть. В настоящее время считается, что белок в неопознанной части не имеет определенной структуры, но пикотехнология показала, что это не так. В программе "Пикотех" вся структура определена. http://nanoworld.org.ru/post/93980/#p93980


https://img-fotki.yandex.ru/get/876984/158289418.498/0_185a04_236de89a_orig.jpg



Данный белок состоит из программных спиралей, но в стандартном представлении его покажут либо вообще без структуры, либо изобразят кусками альфа- и 310-спиралей. Оба варианта в корне ошибочны.
Ещё один типовой пример ошибки - изображение структуры коллагена тройной альфа-спиралью. В действительности структура данного коллагена представляет собой одинарную, но программную 335-спираль:


https://img-fotki.yandex.ru/get/878955/158289418.498/0_185a05_9329ef4c_orig.png


Хотя специалисты по РСА (рентгеноструктурному анализу) заявляют, что точность метода достигает долей ангстрема (меньше размера одного атома), но в действительности не могут на протяжении десятилетий отличить тройную альфа-спираль от программной 335-спирали коллагена. Это значит, что они не могут достичь атомной точности даже сегодня. Реальная погрешность РСА находится в диапазоне от нескольких атомных радиусов до сотен атомных радиусов. Например, "хвосты" белковых молекул (до 50 аминокислотных остатков) РСА может вообще не заметить. А это - сотни атомных радиусов в длину.



РСА часто ошибается при распознании спиральных участков. Иногда вообще не замечает или показывает там, где спирали нет. А перепутать альфа-спираль с 310- Пи- или программной спиралью – элементарно. http://nanoworld.org.ru/post/94010/#p94010



Вместо тройной спирали коллагена" программа Пикотех показывает одиночную, но "трёхзаходную" программную 335-спираль. Другими словами форма похожа, но микроструктура другая. И получена в автоматическом режиме, т.е. по табличной функции. http://nanoworld.org.ru/post/94011/#p94011



РАБОТОСПОСОБНОСТЬ ПИКОТЕХНОЛОГИИ


Кушелев: Работоспособность пикотехнологии имеет смысл демонстрировать во-первых на уровне вторичной структуры длинных спиралей. В т.ч. программных: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/
Для них легко получать точные 3D-модели.
Акцент имеет смысл сделать на замыкании циклов лизоцима. Случайно получить замыкание циклов невозможно. Вероятность типа 1/30 000 000 000. А для программных спиралей случайность имеет вероятность типа 4^-3982=4e-2398 Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/page/5/
Далее имеет смысл демонстрировать возможности Пикотех на примере белков заказчиков. Заказчики сами увидят свои белки более точно, чем о них рассказывают специалисты по РСА. Именно это и привлечёт заказчиков к более тщательному ознакомлению и использованию новой технологии. Они должны убедиться в её работоспособности и эффективности не по наслышке.
У меня уже был негативный опыт работы с заказчиками через посредников. Искаженная и неполная информация о новой технологии только отпугивает заказчиков. Они думают, что результаты работы Пикотех должны полностью совпасть с результатами РСА. Это не так. На уровне вторичной структуры Пикотех имеет 100%-ную достоверность, а РСА на уровне 70%. 97% белков для РСА вообще недоступны, т.к. они не кристаллизуются.
Преодолеть барьер слепой веры в РСА - дело тонкое. С помощью "испорченного телефона" задача не решается. Так что ждём потенциальных заказчиков, например, на форуме лаборатории Наномир или в скайпе. В этом случае есть шанс донести до них информацию о новой технологии без искажений.
http://nanoworld.org.ru/post/94006/#p94006



ПУБЛИКАЦИИ


А.Кушелев, В.Соколик. Монография «Геометрия живого наномира. Пикотехнология белков»  2016 https://www.morebooks.de/ru/search?utf8 … 0%BE%D0%B2

Конкурсный проект на Конкурс Министерства Образования и Науки 1993  http://nanoworld.org.ru/post/93984/#p93984 Текст  http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 930114.htm

Таблицы по химии, Российская академия образования, 2006   http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm

Медаль ВДНХ за пикотехнологические модели молекул 1989  http://www.sciteclibrary.ru/cgi-bin/yab … 691890/113